โดยพันธกิจของการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาจักษุวิทยา มีการกำหนดไว้ ดังนี้
“ ร่วมฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาจักษุวิทยา ตามหลักสูตรที่กำหนดไว้ เพื่อผลิตจักษุแพทย์ที่มีคุณธรรม มีความรู้ ความสามารถ รวมถึงมีองค์ความรู้ด้านการบริหารจัดการ เพื่อให้สอดคล้องกับระบบสาธารณสุขของประเทศ"

โรงพยาบาลจักษุบ้านแพ้ว มีความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยสยาม ในการเป็นแหล่งฝึกด้านนักทัศนมาตร โรงพยาบาลจักษุบ้านแพ้ว มีกิจกรรมด้านวิชาการในทุกวันศุกร์บ่าย มีการเตรียม VDO. เพื่อรองรับ surgical club มีการจัดวิชาการประจำปี ระหว่างภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย กับโรงพยาบาลจักษุบ้านแพ้วทุกปี มีการรองรับแพทย์ประจำบ้าน จากภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่มา elective ที่โรงพยาบาลจักษุบ้านแพ้วด้วย